1955年12月，北川县人民检察院成立，配兼职检察长1人，干部6人。1956年逐步开展批捕、起诉、侦查监督、审判监督、一般监督和自侦案件等检察工作。1968年1月，成立中国人民解放军北川县公检法军事管制委员会，同年9月县革委成立，军管会与县革委人民保卫组统一行使公安、检察、审判职能。1972年11月,军管会撤销，检察职能由公安机关行使。北川羌族自治县人民检察院于1978年9月恢复建院。2003年10月北川羌族自治县成立，北川县人民检察院更名为北川羌族自治县人民检察院。
    2008年“5.12”地震中，北川县院原办公大楼垮塌、办公办案设施设备全损，6名干警、23名干警直系亲属遇难。2009年北川县院“两房”建设纳入全县统规统建。2010年4月开工建设，2011年9月竣工，总建筑面积3419平方米，总投资2000多万元，框架结构、八度抗震设防。信息化建设318万元，与“两房”同步开工建设。震后，通过公招、考调、定向委培等方式补充年轻干警20余名。

    内设机构改革后，北川县院现有内设机构5个，包括办公室、政治部、第一检察部、第二检察部、第三检察部。政法专项编制27名，工勤编制1名，实有在编政法干警26人，工勤人员1人。